清代是修建孔庙的鼎盛时期。全国各地普建孔庙，包括少数民族地区，新设的省府纷纷添建。到了清末仅文庙就达到1800余所，在传播知识、进行社会教化方面发挥了重要的作用。新中国成立后，许多文庙被陆续公布为各级文物保护单位。特别是改革开放以来，随着对传统文化和文化遗产的重视，各级政府不断拨款，目前绝大部分文庙建筑得到维修，状况良好，但是就整个孔庙的保护利用情况来说还有很多的工作要做。
截止清末，全国大约建造了各级学校文庙1740多所。目前已知还有遗存的文庙有539所，经过上世纪八十年代以来的维修和修复，现在比较完整的有93所，基本完整的约107所，保存中心一组建筑群的约64所，保存大成殿等零星建筑的约275所。1949年以来，广东三水和潮阳、广西南宁和柳州、山西汾阳等地均新建了完整的孔庙，台湾新建了桃园、台中、高雄、旗山、屏东、澎湖等7所官方文庙。目前，除学校文庙外，还保存着曲阜孔庙以及许多书院孔庙、孔子纪念庙宇和孔氏家庙。幸存下来的文庙和孔庙大部分都被公布为各级文物保护单位。
除西藏自治区和香港、澳门特别行政区一直没有国立孔庙外，其他省、市、自治区、直辖市孔庙保存现状情况为：
北京市原有国子监文庙、顺天府学文庙和2所州学、6所县学一共10所文庙，现在5所还有遗存，其中国子监文庙一直保存完好，通州文庙修复基本完整，原良乡、密云文庙都仅存大成殿，顺天府学文庙已经修复完整，但仍然作为学校使用。
北京孔庙俯瞰 （摄影：马文晓）
北京孔庙，占地22000多平方米，是仅次于曲阜孔庙的全国第二大孔庙。1988年被公布为全国重点文物保护单位。2008年6月，孔庙和国子监博物馆正式成立并全面对外开放。
天津市原有1府1州5县7所学校文庙，现存的天津府学、县学和蓟州州学3所文庙都已修复完整，其他4所已经没有建筑遗存。
河北省原有学校文庙131所，现在20所还有遗存，其中较为完整的有定州、承德、正定、平山、祁州5所，保存大成殿一组建筑的只有沧州1所，其他14所大多只存大成殿，正定府学文庙只存大成门，个别还存有崇圣祠或泮池。幸存建筑大多得到维修，邢台的原顺德府学大成殿被迁移到公园内。
河北正定文庙大成殿
位于正定县县城内。这是我国现存最早的文庙大成殿。1933年，建筑学家梁思成先生考察时，将其定为唐末五代遗物。此处原为佛教寺院，至明洪武七年（1374年）改寺为庙，改佛殿为大成殿。1996年被公布为全国重点文物保护单位。
山西省原有府、州、县、乡学校文庙113所，现在39所还有遗存。保存数量不是很多，但保存状况比较好。太原府、太原县、榆次、绛州、绛县、太平、平遥、代州、闻喜9所文庙经过维修后都很完整，祁县、徐沟、文水、清源、临县、浑源、静乐、嶂县、绛州10所文庙基本完整，长治、长子、潞城、辽州4所文庙保存着中心一组，14所保存部分建筑的文庙中，有6所保存大成殿，大同县文庙保存照壁，其他7所文庙都保存着两座或两座以上建筑。此外还保存着平遥金庄、潞城李庄等金元时期的私建孔庙。山西省是文庙保存较好的省份之一。
山西平遥金庄文庙
位于平遥县城东5公里岳壁乡金庄村西。元延祐二年（1315 年）创建，经后世多次重修和补修，殿内有孔子及“四配” “十哲”彩绘泥塑像15尊，为元代作品。2006年被公布为全国重点文物保护单位。
山西太原文庙
位于太原市迎泽区，建于清光绪八年（1882年），是太原规模最大的文庙。占地31000平方米，中轴线基本保留了原有建筑格局。2013年被公布为全国重点文物保护单位。现为山西省民俗博物馆。
内蒙古自治区原有文庙3所，现在土默特和呼和浩特2所文庙保存着大成殿。
辽宁省原有文庙13所，现在修复完整的有兴城的宁远州学文庙和今新宾县的赫图阿拉城文庙，海城文庙保存着崇圣祠等建筑，宁海县学文庙保存着泮池和泮桥，辽阳重建了文庙的棂星门和泮池等。
吉林省原有7所文庙，吉林文庙保存完整，长春孔庙修复完整，柳河文庙基本完整，扶余市内的原伯笃讷文庙还保存着大成殿和部分建筑。另外，民国时期朝鲜族孔教会新建延吉孔庙虽然很小，但保存很好。
黑龙江省原有6所文庙，民国年间新建了3所，现在哈尔滨文庙保存完整，齐齐哈尔文庙基本完整，呼兰文庙修复完整，阿城文庙只保存着大成殿一组。
黑龙江哈尔滨文庙
位于哈尔滨市南岗区，建于1929年。是我国东北地区现存规模最大，保存最为完整的一座孔庙。1996年被公布为全国重点文物保护单位，现为哈尔滨民族博物馆。
上海市原有学校文庙9所，经过二十年的陆续维修，上海县学、嘉定县学、崇明县学和松江府学4所文庙基本恢复了原貌，宝山县学和南汇县学文庙还保存着大成殿。
上海嘉定孔庙
位于上海市嘉定区，始建于南宋嘉定十二年（1219年），现存建筑虽仅原来的十分之六七，仍不失为目前国内比较完整的孔庙之一，有“吴中第一”之称。2013年被公布为全国重点文物保护单位.现为中国科举博物馆。
江苏省原有各级学校文庙56所，现24所有遗存。保存最完整的是南京江宁府学文庙，修复基本完整的有原上元和江宁两县的文庙南京夫子庙、苏州府学文庙、江阴文庙、宿迁文庙、江浦文庙和六合文庙6所，保存中心一组的有丰县和南通2所，其他15所大多保存一两座建筑，多是大成殿或大成门。
江苏南京江宁府学文庙
位于南京朝天宫东南门外的江宁府学，原址为明代国子监。清同治四年（1865年），李鸿章改建江宁府学于现址，经曾国藩、马心贻前后三任两江总督建成，又与朝天宫文庙、西卞公祠合为江南地区最大的古建筑群。
浙江省原有学校文庙90所，现26所有遗存。修复完整的有慈溪县学文庙1座，修复基本完整的有杭州府学、诸暨、黄岩、定海4所，其他21所中有2所仅存泮池，3所仅存泮池和桥，5所仅存大成殿，8所大多也只有两座建筑，保存建筑较多的有绍兴府学文庙和上虞县学。杭州万松书院文庙已经修复完整，衢州孔氏南宗家庙和榉溪孔氏家庙保存完好。
浙江杭州万松书院文庙
因位于杭州万松岭而得名，初由浙江右参政周木于明弘治十一年（1498年）依元代所建万松西岭报恩寺改建，并迎聘孔氏循州派58代孙孔公衢、孔公绩主之。之后，万松书院的发展和长期延续得益于孔氏南宗的高度重视和持之以恒的尽力维持。
浙江杭州孔庙（碑林）大成殿 （摄影：沈旸）
位于杭州市上城区。原为南宋临安府学所在地，始建于南宋高宗绍兴元年（1131年）。此后至清光绪三十一年（1905年）废科举制度之前，长时间是杭州的官办学 府。现为碑林博物馆。
安徽省原有府、州、县、乡学校文庙65所，现在17所有遗存。桐城、绩溪、旌德3所文庙保存较完好，寿州文庙比较完整，蒙城、霍丘、霍山3所文庙保存着中心建筑，其他8所只保存大成殿，3所保存其他零星建筑。
安徽旌德文庙大成殿 （摄影：沈旸）
位于旌德县城。始建于北宋崇宁元年（1102年），初名“文宣王庙”，五次被毁重建，最后重建于清顺治二年（1645年）。为安徽省保存较为完整的古建筑群。2013年被公布为全国重点文物保护单位。
福建省原有学校文庙69所，现18所有遗存。保存或修复完整或基本完整的有福州、同安、安溪、汀州、闽清、仙游、泉州、永安、建宁、上杭、永春、屏南12所，保存中心一组的有惠安、漳州2所，4所保存大成殿，1所保存棂星门。福建保存的文庙数量不多，但保存的状况比较好。
江西省原有学校文庙92所，现13所有遗存。安福文庙比较完整，萍乡和赣县两座文庙基本完整，新喻文庙保存中心一组，其余10所存有大成殿等零星建筑，2003年南昌新建了文庙大成殿。
山东省原有学校文庙115所，现21所有遗存，此外还存有曲阜孔庙和尼山书院、洙泗书院两所书院孔庙，除上3所非学校孔庙外，山东几乎没有一所保存完整的文庙，大多只保存着大成殿。已修复完整的有济南府学和宁阳县学文庙，修复中心一组的有沂州(今临沂)、汶上、乐陵、堂邑和海阳6所，上世纪80年代重建了泰山孔子庙。
山东泰山古建筑群·孔子庙
位于泰安市泰山盘道。明万历年间创建孔子庙。上世纪八十年代重修。泰山古建筑群2006年被公布为全国重点文物保护单位。
河南省原有学校文庙119所，现45所有遗存，其中只保存大成殿等一座建筑的有22所，除大成殿以外还有其他建筑的有8所，保存中心一组的有郏县、新安、洛宁(原永宁县学文庙)和汤阴4所，保存基本完整的有汝州、辉县、许昌、南召、内乡、密县、河南府学(洛阳)、登封和唐河9所，修复基本完整的有郑州文庙和叶县文庙。除文庙外，河南还有长垣县学堂冈圣庙、卢氏县燕居堂和传道堂、永城芒砀山孔庙、淮阳县弦歌台圣庙、叶县圣人阁、夏邑还乡祠等纪念孔庙，夏邑还乡祠还进行了扩大。
河南芒砀山孔庙
芒砀山孔庙，亦称夫子庙，位于永城市芒山镇夫子山南麓。因孔子在周游列国“去曹适宋”时曾在此避雨、晒书而得名。始建于宋、明末曾遭兵焚，清代重修。现存建筑为清末建筑。
河南孔子还乡祠
夏邑县是孔子的祖籍所在地。孔子成年后时常回到祖籍省墓，并带弟子设“杏坛”讲学。后人在王公楼村建孔子还乡祠。文革期间，被夷为平地。1994年，夏邑县人民政府在原遗址处重建孔子还乡祠。
湖北省原有学校文庙78所，现22所有遗存。保存基本完整的有蕲水县学(今名浠水)文庙，保存中心一组的有通山县学文庙，德安等16座只存大成殿，荆州、江陵、长乐、建始等文庙保存建筑略多。除国立学校文庙外，湖北还保存着问津书院和公安孔庙。问津书院孔庙存有两进四合院，有大成殿、左右偏殿、讲堂、孔叹桥等建筑，比较完整。
湖南省原有83所学校文庙，现24所有遗存。文庙基本保持原貌的有今澧县的原澧州州学、湘乡县学、宁远县学3所，保存较完整的有岳州府学、石门县学、湘阴县学、浏阳县学、安化县学、城步县学、新田县学、江华县学、乾州州学10所，保存核心部分的有湘潭县学、沅州府学、零陵县学3所，仅存大成殿等零星建筑的有7所，此外岳麓书院孔庙保存完好。湖南省保存的文庙数量不是很多，保存的状况比较好。
湖南岳麓书院文庙大成门（邓洪波供图）
位于长沙市岳麓区，是全国规模最大、建筑规格最高的一座书院文庙。岳麓书院在明代就有完整的文庙，后来毁于战火。抗战胜利后修复了部分建筑。上世纪80年代以后，文庙建筑又陆续重建，到20世纪初，基本恢复了原有旧制。
广东省原有学校文庙81所，现31所有遗存。德庆、番禺、新会、海丰、海阳、揭阳、兴宁、嘉应(今梅州)8所文庙经过修复已经恢复完整或基本完整，开平、雷州、饶平、普宁、罗定、长乐6所保存中心一组，其他14所大多只保存大成殿，香山文庙和镇平文庙存泮池和桥，信宜文庙存大成殿、棂星门和贤关坊。
广东揭阳学宫
位于揭阳市榕城区。始建于南宋绍兴十年（1140年）历经多次的重修和扩建，清光绪年间形成现有规模，占地总面积约2万平方米，是全国府县级最大的学宫。此地又是周恩来同志革命活动旧址。2013年被公布为全国 重点文物保护单位。
广东德庆学宫
位于德庆县。其大成殿是广东省唯一现存的宋元两代砖木结构古建筑。1996年被公布为全国重点文物保护单位。2000年以后，陆续修复了泮池，重建棂星门和大成门。
海南省原为琼州府，有14所文庙，现6所有建筑。文昌县学文庙已经修复完整，崖州州学、临高县学文庙基本修复完整，琼州府学文庙和感恩、澄迈县学文庙还保存大成殿。
海南崖城学宫
位于三亚市崖城镇，是古崖州最高学府，也是我国地理位置上最南端的祭孔庙宇。始建于北宋庆历四年（1044年）。学宫内藏有唐代高僧鉴真和尚留下了一批原来准备带去日本的佛教经典。2013年被公布为全国重点文物保护单位。
广西壮族自治区原有学校文庙75所，现24所有遗存。修复完整的有藤城县学、泗城府学、北流学县学和武宣县学等5所，保存中心一组的有石南兴业县学和廉州府学，其他大多保存大成殿或棂星门等建筑。合浦县山口镇永安故城外文庙当是明洪武初年设置的永安千户所学校文庙遗存。2003年，南宁市恢复原大成殿为崇圣祠，重建了大成殿等文庙、学校所有礼治建筑，2009年，柳州重建了府学文庙。
重庆市原有学校文庙32所，现基本完整的有忠州文庙，有遗存的有奉节、壁山、开县、丰都县学和安居乡学5所，除丰都因三峡水库迁建到双桂山建筑较多外，其他建筑都很少，开县仅存礼门、义路牌坊，壁山、奉节保存大成殿等建筑。
四川省原有府、州、厅、县、土司学校文庙121所，现43所有遗存。经过维修，德阳、资州、安岳、腱为、富顺、嘉定、灌县、名山、中江、渠县、温江等13所文庙都比较完整，崇庆、阆中、仪陇、西充等6所文庙基本完整，广安、荣县、岳池、汉州4所文庙保存着大成殿中心院落，荣县和岳池保存泮池，汉州保存棂星门，崇宁等20所文庙保存大成殿等零星建筑。
四川都江堰文庙
位于都江堰市灌口镇。始建于五代时期，原本是川西地区规模最大的县级文庙。1952年，改为县中学。汶川地震中受到重创。2009年，启动重建工作。现内设有国学专修学校。为省级文物保护单位。
贵州省原有学校文庙62所，已知9所有遗存。思南府学和湄潭县学文庙保存完整，安顺府学、安化县学、石阡府学、普安县学、贞丰州学5所文庙保存比较完整，黎平府学和安平县学文庙只剩大成殿。
云南省原有府、州、厅、县、土司学校90所，现60所有遗存。保存完整的有腾越州学、建水的临安府学、宜良县学、黑井盐井司学和墨江的原他郎厅学等文庙7所；基本完好的有大姚石羊的盐井白井司司学、澄江的原激江府学、凤庆县的原顺宁府学、鹤庆州学、剑川州学、保山县学、新平县学、泸西的原广西州学、巍山的原蒙化府学、通海县学、楚雄府学、玉溪的原新兴州学、江川县学、石屏州学、富源的原平彝县学、景东厅学、河西县学和丘北县学等文庙17所；保存部分建筑的有丽江府学文庙等18所；仅存大成殿的有石林原路南州学文庙等10所；仅存零星建筑的有大理府学文庙等8所。此外在开远市老马寨乡马街村内还保存着完整的小龙潭文庙。云南省是我国目前保存文庙最多、保存状况最好的省份。
云南建水文庙
位于建水县城内.是全国屈指可数的大型文庙。始建于元代，经明、清两代扩建，仿照曲阜孔庙的格局建造。2001年被公布为全国重点文物保护单位。
陕西省原有学校文庙94所，现32所有遗存，但保存情况不是太好。完整的有韩城文庙1所，较为完整的有西安府学、蒲城县学、略南县学、咸阳县学、耀州州学、蓝田县学和蒲城县学7所文庙，保存主体建筑的有府谷文庙，保存中心建筑的有户县、泾阳、蓝田、米脂4所县学文庙，仅存大成殿等零星建筑的有同官县学文庙等18所，此外，三原县学文庙仅存的牌楼被迁到中王堡村，临潼县学大成殿被迁到华清池改作飞霜殿。除礼制文庙外，陕西商州孝义乡王堌村北还保存着孔氏祠堂，渭南阳郭镇汤房村也保存着一座孔庙。
甘肃省原有学校文庙55所，现18所有遗存。保存完整的有武威的原凉州府学文庙和新近迁址重建的皋兰县学文庙2所，保存基本完整的有兰州、静宁、镇原3所文庙，其他13所文庙大多只保存大成殿，只有巩昌府学、秦州府学和秦安县学3所文庙还分别保存着棂星门、大成门和崇圣祠。
青海省历史上只有5所学校文庙。现西宁府学、贵德厅学和大通县学3所文庙有遗存。西宁府学文庙保存中心一组，贵德厅学文庙原存大成殿和大成门，近年新建了牌坊和东西两庑，基本修复完整，大通文庙仅保存大成殿。
宁夏回族自治区原有6所学校文庙，但目前尚未见到任何文庙遗存的资料，很可能都毁坏无存了。
新疆在清末设省后相继建设了23所学校文庙，现在仅见乌鲁木齐一所。新疆文庙建造都很晚，有一些应该能够保存下来，但现在查找不到有关资料。
新疆乌鲁木齐文庙
位于乌鲁木齐市前进路，是全疆唯——处保存完整的清代风格庙宇建筑群。1979年被公布为市级文物保护单位。1988～1990年国家投资百万元落架维修。
台湾地区在割让日本时有13所学校文庙，日本占领后，为切断与中国的联系，进行奴化教育，大肆破坏孔庙。台北府学、新竹和凤山县学文庙或拆除或倒塌，宜兰县学文庙因被日军当作粮食仓库被美国飞机炸毁。为保存民族文化，近些年来台湾人民将孔庙作为民族文化的象征刻意保护和建造，现在台湾有13所官立文庙。
台湾桃园文庙
台北文庙大成殿
新中国成立以来，许多孔庙被陆续公布为各级文物保护单位，一直受到较好的保护。特别是改革开放以来，随着对传统文化和文化遗产的重视，各级政府不断拨款，目前绝大部分孔庙建筑得到维修，状况良好。
正在维修的浙江衢州孔氏南宗家庙 （摄影：沈旸）
位于衢州市区新桥街。南宋建炎初孔子第四十八世孙袭封衍圣公孔端友率族人随高 宗赵构南渡后所诏建。南宋宝祐元年（1253年）始建，明正德十五年（1520年）迁于现址，历代多次修葺。1998年经过全面修缮，作为衢州市历史博物馆舍对外开放。
近年许多保存不够完整的孔庙得到复原。广东德庆、浙江慈溪、辽宁兴城、山东济南、广西泗城、青海西宁等十几所文庙都是在幸存建筑基础上恢复完整或基本完整的。广西南宁文庙1925年大部分建筑被毁，1982年仅存的大成殿也因南宁饭店扩建而被拆除封存，2002年投资5000多万元，复原大成殿。
迁建的广西南宁孔庙
位于南宁市青环路。清末以来逐渐倾圮，只剩大成殿。1982年，因扩建南宁饭店， 将孔庙拆除，拆下来的建筑材料保存于广西展览馆。2011年南宁孔庙迁建主体工程 落成，使用了原材料。
重建孔庙始于上世纪90年代。1994年广东三水在旅港乡亲的捐助下迁址重建了日军侵华期间被毁的孔子庙。进入21世纪，重建孔庙的事例增多。2008年山西汾阳企业家孔祥生独自出资1亿多元迁址重建了汾阳府学文庙。2009年潮阳企业家郑立平独自出资重建了潮阳文庙。2009年柳州政府投资1亿多元迁址重建了1928年被毁的文庙。辽阳曾经一度是辽代的东京，当时就建造了孔庙，明洪武年间和清康熙二十七年(1688年)两度重建，可惜毁于文革。最近，辽阳市政府决定投资2100万元进行重建。西宁文庙始建于明宣德三年(1428年),最近西宁市政府决心进行复建，并建设文庙广场，为市民提供休闲娱乐的好去处。
新建的广东三水孔圣园
位于佛山三水森林公园。上世纪九十年代，耗资5000多万元，以孔子故乡山东曲阜孔庙为蓝本微缩建成。
重建的山西汾州府文庙
山西汾阳是儒学文化的重要传播地之一，汾州府文庙创建开三晋之先河。上世纪七八十年代被拆毁。2009年恢复重建，成为大型文化旅游园区。
重建的广东潮阳孔庙大成殿
各地除维修孔庙建筑外，还陆续恢复孔庙的陈设，恢复神龛、木主、匾额、对联，很多文庙还新塑了孔子等人的塑像，增加了新的展出内容。现存孔庙利用大致可以分为三种情况：第一种是继续发挥孔庙在社会教化中的作用，复原陈设，进行祭祀活动或乐舞表演，举办孔子生平及思想展览，举办科举史等历史文化展览，开放给民众参观。第二种是仅将孔庙当作房屋使用。在文物部门管理使用的孔庙中，有的作为办公场所，有的当成文物仓库，有的成为文物展室；被非文物部门使用的孔庙，有的成为学校的校舍，有的当作厂房。第三种是无人使用，有的虽然公布为文物保护单位，但处于无人管理的状态，任凭风雨剥蚀。
各地孔庙虽然在传播知识、进行社会教化方面作了一些工作，但是就整个孔庙的保护利用来说，孔庙的作用发挥得还很不够。有的孔庙尚未得到有效保护，建筑残破不堪；有的至今尚未对社会开放，未能发挥孔庙的作用；有的文庙忽视了文庙的特性，举办与孔庙无关的展览，开展与文庙无关的活动；有的孔庙甚至无视国家不准进行封建迷信活动和古建筑群内不准焚香化纸的规定，违背孔庙除祭祀上香外不得焚香的传统，片面追求经济利益，在孔庙内焚香化纸，将神圣的文化殿堂搞得乌烟瘴气；有的孔庙没有按照历史原貌进行保护，随意增加改造孔庙建筑；有的文庙内甚至塑起了佛教和道教的神像，三教并居一室；有的孔庙改变了用途，使得孔子有家归不得，只能在院子里晒太阳，完全失去了孔庙的作用，丧失了孔庙的神圣感。（本文图片除署名外，由作者提供）
