嘉泰元年（1201年）韩侂胄筹划北伐，为了团结朝野人士，“伪学”党禁开始松动，叶适被任为湖南转运判官，大病初痊的他即赴长沙上任。次年党禁正式解除，过去因伪学罢官的，一律官复原职，已死者追赠原官。已病死的朱熹也追赠原官。叶适改任泉州知州，因其向来有“大仇未复之言”，很受宰相韩侂胄的重视，不久即升任兵部侍郎，宋宁宗开禧二年（1206年）四月改任吏部侍郎。这年，韩侂胄贸然发动北伐，结果因金朝早有准备，南宋派出的郭倪、李爽、皇甫斌、王大节等几路大军纷纷溃败。叶适不同意韩侂胄草率用兵，曾提出“备成而后动，守定而后战”的战略方针，但不为韩侂胄采纳。此前镇守建康府一带的军队大部被李爽带出北伐，叶适时在朝中，他奏请在建康等处紧急募兵以备不测，但朝廷高估了北伐形势，认为多此一举，没有采纳。当出师不利的战报传来之时，长江南岸几乎无人防守，朝野上下惊惶失措。后悔莫及的皇帝急忙任命叶适为建康（南京）知府，兼沿江制置使，负责长江下游防务，去收拾残局，负责江南防务。
叶适带病到任之后，赶紧募民为兵，修补战备，在沿江增设防御据点。但仅仅数月，尚未达到预期的成效时，反扑的金军已经越过淮河，迅速开进到长江北岸，攻占了真州（今江苏仪征）、六合等地，并急围和州（今安徽和县），作为渡江的据点。此时江北秩序已是混乱不堪，淮南百姓渡江避乱的不计其数。一日，江北岸边正有一些平民准备南渡，突然有两个金兵骑马跑到江边，民众见状大惊，未上船的争着上船，上了船的争着开船，不少人因此掉到江中淹死，另有两艘船竟在争渡过程中因碰撞而翻沉。此事传到建康，城中官民无不震恐，叶适手下掌管文书的属吏，听闻后恐惧战栗，竟连手中的纸笔都拿不住了。
如何才能稳定人心、振奋士气呢？说空话是没有用的，要靠实际战斗并取得胜利。在安抚人心的同时，叶适开始考虑防守的对策。与其严守待攻，不如以攻为守，叶适采纳了得意门生滕宬的建议，发挥南兵之所长，去砍营劫寨。叶适先是招募了三百人的敢死队，派采石将徐纬统领，夜间乘小船渡到北岸，在茅草芦苇丛中埋伏起来。金兵来时，先用箭射，应弦而倒；箭射完后，又挥刀向前砍敌兵；金兵不知宋军虚实，惊慌中败退。到黎明时追到江岸，宋军已上船到江中了。如此往返，凡十数次，皆获胜利。宋军因此士气大涨。叶适又令仍坚守在江北石跋（今安徽和县境内）等处的士兵主动出击，夜劫敌营，屡屡得手，斩俘了不少敌军，并焚烧了大量粮草。金兵疲于骚扰，就解去和州之围，退到瓜步（今南京市六合区东南）驻扎，建康的民心这才安定下来。但威胁仍未解除，叶适再次派出大队人马趁金军疲惫之际发动攻击，轻松取胜，金兵被迫经滁州（今安徽滁州）撤退，建康安全最终得以确保。在作战的过程中，所有军需全都由官府承担，未应急而扰民，这是叶适的功劳。
击退金兵有功，叶适由沿江制置使改为江淮制置使。为了进一步巩固防御，他提出在北岸建立堡坞，一则可以屯兵，与南岸守军遥相呼应，二则可以护民屯田，安聚战争中的流民。随后他向朝廷求得巨款，在石跋、定山（今江苏江阴境内）和瓜步三处修建了堡垒，同时又号召江淮间的土豪们依山水建寨聚民自守，并许诺一切兵器费用都由官府供给，应其号召而新兴的水寨共有四十七座。在叶适的努力下，有效的防御体系逐渐形成，无数的流民也得以安置。
自从开禧出兵以来，各路宋军大都惨败。叶适镇守建康，处于战线的关键部位，在长江沿线挡住金兵主力的攻势，扭转败局，连战皆捷，迫使金兵退却，从而保卫了南宋半壁江山。打败金兵之后，叶适又建立堡坞，安集流民，经营两淮，建立起兵民共守的防御体系，以为进一步进取中原的出发点。这是叶适务实思想的部分实施，已为国家建立了大功。
正当叶适在建康忧国忧民、呕心呖血地经营两淮防务时，南宋朝廷中的投降派却在干着另一种勾当。他们不但不以叶适以江北守江的主张为然，反而为了妥协投降而准备答应金国的任何苛刻的条件，直到以韩侂胄的头颅去换取金国的“和议”。在韩侂胄被杀后，御史中丞雷孝友又以“附和”韩侂胄用兵的罪名弹劾叶适，朝廷据此将叶适落职。这个雷孝友原来正是韩侂胄一党；而叶适反对韩侂胄贸然出兵的文字俱在，却无人顾及。真是颠倒黑白！叶适本有功于朝廷的。朝廷不但不赏，反而治罪，足见其腐败。叶适回永嘉家居，绝不自辩。
对叶适在开禧年间的作为，后人自有公论。如明代李贽说：“此儒者乃无半点头巾气，胜李纲、范纯仁远矣，真用得，真用得！”凡此，皆可认作千古之定论。叶适的爱国主义思想和抗敌保国的功绩名垂青史，是任何人也抹煞不了的。
总之，陈亮与叶适的事功思想在南宋的出现，是当时社会需要的理论反映。从学术上，道学的空谈误国殃民，已为一些有识之士所认识；而偏安的南宋，也面临着抵御北方金人入侵，收复失地的两大时代重任。无论是对道学空谈心性的矫正，还是在理论上为两大历史重任制造理论的依据，都需要一种重实的事功功利思想。有鉴于此，陈亮、叶适的事功思想一出现，就引起了强烈的社会反响，因而有朱熹所谓“家家谈王霸”的社会现象的迅速出现。如果说陈亮的思想以智略横生，议论风凛的论辩性为特点；那么，叶适的思想则以理论的抽象性见长。陈亮、叶适的事功之学对于批判当时朱熹理学有一定意义，对以后颜元以至近代魏源提倡的“实事”“实功”也有积极影响。
